כבר מאז הקמתו ארגון "בשער" פועל בתחום החינוך במטרה להרחיב את החשיפה להשכלה הגבוהה, למחקר האקדמי בישראל ולחשיבותה של החשיבה הרציונלית האקדמית. במסגרת כך "בשער" מפעיל את המועדון המדעי המציע מפגשים בין אנשי אקדמיה ותלמידי תיכון, מפעיל אתר שאלות למומחים וכן לקח חלק בהרמת ירידים ופרוייקטים עם מגוון שותפים בתחום החינוך. יש לציין כי מרבית פעילות הארגון בתחום החינוך מושקעת באיזורי הפריפריה החברתית והגיאוגרפית