ארגון "בשער" החל לפעול בתחום החינוך מיד לאחר הקמתו, וזאת במטרה להרחיב את החשיפה להשכלה הגבוהה, למחקר האקדמי בישראל ולחשיבותה של החשיבה הרציונלית האקדמית.
במסגרת הפעילויות החינוכיות, מפעיל ארגון "בשער" את המועדון המדעי המציע מפגשים בין אנשי אקדמיה לתלמידי תיכון ומורים. "בשער" יוזם ומוביל פרוייקטים בתחום החינוך עם מגוון שותפים דוגמת משרד החינוך, ההסתדרות הרפואית בישראל, העמותה הישראלית לחקר המוח ועוד. הארגון מפעיל מערכת שאלות למומחים לצורך הנגשת ידע אקדמי מהימן לתלמידים, מורים והציבור הרחב. עיקר פעילות הארגון בתחום החינוך מושקע באיזורי הפריפריה הגיאוגרפית והחברתית.