פרוייקט "המועדון המדעי" נוסד זמן
קצר לאחר הקמת "בשער" במטרה
לעודד תלמידי חטיבות ביניים ותיכונים
ללימודי מדעים, להכרה בחשיבות
וביעילות של לימודים, ידע וחשיבה
רציונלית. הפרוייקט מתמקד עד היום
באוכלוסיות בפריפריה החברתית
והגיאוגרפית, ועם השנים התרחב
גם לפעילות עם מורים, גננות ועוד.
לאורך 20 שנה של פעילות,
נפגשו מאות אנשי סגל מהאקדמיה
עם מעל ל-350,000 תלמידים.

המפגשים נערכו ביותר מ-50 יישובים,
לרבות יישובים של אוכלוסיות חרדיות,
בדואים, ערבים-ישראלים ועוד.